Nel marzo 2002, WWF, Birdlife e Pro Natura hanno chiesto agli attivisti della rete di inviare un e-mail al direttore del Dipartimento del Territorio, onorevole Marco Borradori, a sostegno delle loro richieste. L'appello è stato raccolto da oltre 7000 persone in sole 4 settimane. L'interesse e il rumore suscitato da questa iniziativa nella stampa locale e nazionale hanno convinto il Governo del Canton Ticino a prendere finalmente una decisione di principio sul silos. Il 23 settembre 2002, dopo aver preso atto delle conclusioni di un gruppo di lavoro interno, il Consiglio di Stato del Canton Ticino ha chiaramente fatto sapere che considera la presenza del Silos Ticino SA incompatibile con le norme di protezione vigenti delle Bolle di Magadino e che intimerà al Consorzio Correzione Fiume Ticino di non più rinnovare il contratto d'affitto del terreno dove è ubicato il silos a partire dal 1 gennaio 2006. In altre parole i responsabili della Silos e Beton Ticino SA avevano tre anni di tempo per trovare una soluzione alternativa e sgomberare la foce del fiume Ticino. 

La ditta Silos e Beton Ticino SA ha ricorso contro la decisione di sgombero del Consiglio di Stato fino al Tribunale federale di Losanna. Nel maggio 2005 il Tribunale federale ha dato ragione al Consiglio di Stato, chiarendo senza possibili equivoci la situazione degli impianti alla foce. Dopo la sentenza del Tribunale federale la ditta Silos e Beton Ticino SA ha finalmente dato avvio alla ricerca di un'alternativa.

Dei tre sedimi individuati, solo quello di Cadenazzo non ha sollevato opposizioni, mentre per le altre ubicazioni la via è apparsa subito in salita. A Bioggio l'opposizione della ditta concorrente Holcim ha allungato i tempi per l'ottenimento della licenza edilizia, mentre sul territorio di Locarno, le opposizioni del comune di Gordola, dapprima, e Lavertezzo in seguito hanno finora bloccato ogni possibilità di trasferimento delle attività. In seguito a queste difficoltà lo smantellamento delle infrastrutture presso la foce entro il termine indicato dal Consiglio di stato, il 31 dicembre 2005, avrebbe comportato la chiusura della ditta e la perdita di posti di lavoro. 

Per evitare questa dolorosa opzione, nel dicembre 2005 il Dipartimento del Territorio ha proposto alle Associazioni di protezione della natura un accordo: entrare nel merito di una deroga del termine di sgombero in cambio di un impegno vincolante della ditta Silos e Beton Ticino SA nei contronti del DT per uno smantellamento a tappe delle infrastrutture e riconsegna del sedime allo stato naturale entro il 30 novembre 2006. WWF, Pro natura e Ficedula-Birdlife hanno accettato l'accordo per evitare un duro scontro con la ditta Silos e Beton Ticino SA, comunque dai tempi incerti, e per salvaguardare i posti di lavoro. Le Associazioni hanno evidentemente chiesto e ottenuto un accordo vincolante, nonché l'impegno da parte del DT per sostenere il progetto di rinaturazione del delta, una volta smantellato il silos.